VS禿鷹娜 飛翔船艦（日文︰VSバルジーナ フライング・シップ）是黑２‧白２篇的第16话，也是宝可梦特别篇的第540话。于2017年6月13日和6月23日在Sunday Web Every分别连载前篇和后篇。
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剧透提示：以下内容可能包含主要情节或结局的细节，请谨慎阅读。
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摘要
在等离子驱逐舰的货仓中，黑次向白慈坦白了自己身为国际警察隐瞒身份的事实。尽管被铐上手铐，白慈还是答应帮助他救出酋雷姆，交出国际警察所需的存储卡。两人一同乘着盖诺赛克特，越过沿途上等离子队的宝可梦，朝着驱逐舰的深处奋力突击……然而阿克罗玛已经将酋雷姆转移到了别处。随着酋雷姆一阵冰冻能量的释放，阿克罗玛将被冰冻的两人连同宝可梦一起丢进了驱逐舰下面的大海中。但是一只树果也在此时从冰雕中偷偷滚出……与此同时，那位等离子队曾经的老大，也在乘着他的宝可梦飞翔在天空中，追逐着那只白色的圆形石头。石头表面映出的，正是那位久违的熟悉身影！
主要事件
登场角色
人類
宝可梦
细节
- 黑次对白慈的称呼从之前常用的ファイツちゃん换成了ファイツくん。
- 单行本53与网络连载版相比，增加了一些画格中的阴影部分，还额外画出了凯路迪丸的圣剑效果；有一格中等离子队手下和宝可梦被打倒的姿势被完全重画。
错误
- 网络连载版的第6页右下角一格遗漏了手铐中间的链条。
